在高新技术企业认定之后，企业在充分享受国家给予的所得税政策之前，需要对其进行详细备案，填写研发费用的具体明细等信息。若是在企业认定之后忽略了备案工作，就会出现享受不到国家给予的所得税优惠政策的风险。
企业在获取到高新技术企业的资格证以后，时隔三年就需要进行一次复审，依据复审需求来提供资料。若是所提供的资料不满足高新技术企业的复审要求，就需要对高新技术企业的资格证给取消掉，进而出现补缴税款的风险。
1.会计核算方面不够规范，没有建立研发支出账户。高新技术企业对科研项目进行研究时所花费的项目，是需要构建一个单独的研发支出科目，来进行单独核算，并且把开发支出与研究支出这两方面进行分别核算，应该给予一些资本化与费用化的研究资金。若是企业利用下设研发支出或是管理费用科目进行核算，就无法准确对费用化、资本化的金额进行划分，依据我国扣除管理方法中有关规定，未建立专账管理费用，在费用归集方面不准确，致使其无法享受所得税优惠，进而存在涉税风险。
2.高新技术服务销售的收入并未进行单独核算。高新技术企业对高新技术产品要求收入单独核算，若是与其他非高新技术产品销售收入不能有效分开，这对于资格审查以及认定有巨大影响，进而出现涉税风险。
3.研发费用未依据项目标准来进行准确归集。高新技术企业在含有多个研发项目时，若是把其他项目费用分给创新性项目，这就致使了高新技术企业的研发项目的费用有所增加，提高了加计扣除的基数，进而出现涉税风险。
1.在研发人员在确认方面不够准确。高新技术企业主要发展条件就是企业研发人员的确定，企业从事研发或是有关技术创新活动的科技人员占企业职工总数的百分之十。因为企业中从事研发方面的工作人员较少，这便充分反映出了学历证明以及工资薪金等不够全面，造成科研人员在进行确认时也不够充分，此种现象对于高新技术企业在复审过程中极为不利，会存在一定涉税风险。因此需要加大对研发人员的确认程度，才会有效的控制涉税风险发生。
2.研发费用的占比不够合理。高新技术企业关键条件之二就是企业的研发费用，企业在不断进行研发工作中，研发费用一定要符合企业的费用总额在销售总额中的比例，依据企业的销售收入额度来对其占比进行确定，销售额越高所占据的比例越小。诸多企业为了满足高新技术企业的条件，将一些不是高新技术产品获取的成本费用也尽量的放在研发费用中，基于此来扩增研发费用的归集范围，进而影响研发期间的费用归集，进而出现涉税风险。
3.在高新技术产品的销售在确认上不够合理。高新技术企业关键条件之三就是对于高新技术服务收入以及技术性收入需要在企业总额的百分之六十以上。一些企业为了获取客户信任，进而赢得市场主体地位，时常会出现夸大企业规模，虚报高新技术服务收入，进而出现涉税风险。
项目预算在企业研发费用加计扣除至关重要，其中包含了具体项目的支出预算、项目开发期、年度计划支出预算以及项目支出总预算等。强化预算管理，对企业中的预算开支与实际开支之间的差距进行充分分析，这样对于高新技术企业在年度研发费用进行核查工作是十分有利的，确认其研发费用是否依据加计扣除的方式来开展抵税。对高新技术企业加强项目预算管理具有不可或缺的地位，因为企业若想保障长远发展，项目的预算进行全面管理是可以保障项目获取利益最大化的基础，同样也是企业规避涉税风险的前提，基于此才会有效的提高高新技术企业的经济市场中的核心竞争力。
通过对高素质、高专业的税务人才组建一个高效率的人才团队，来对企业的税务进行处理；构建健全的税务风险管理制度，有效的对信息进行实时了解，进而掌握我国政策方向，同时还要与税务机关保持良好的交流；增加核算的准确程度，与研发部门进行及时沟通，尤其是会计与税法之间的差异，进而对其差异进行适当调整；强化企业内部审计以及核查力度，对企业的涉税风险进行严格控制。总之，我国出台的具有针对性的税收优惠政策，这对于我国科技发展具有不可或缺的作用，因此加大对其管理力度，是确保高新技术企业全面长久发展的基础，提供了良好的前提条件，只有对高新技术企业的管理水平与效率不断提高，才会有效的对高新技术企业的涉税风险降低。
高新技术企业的研发项目是具有一定创新性的，是其享受研发费用加计扣除优惠的前提，所以务必要对立项管理进行强化处理，进而有效防止随意立项的情况出现。第一，高新技术企业需要对自己的研发项目进行全面论证，验证其是否具有可行性，进而制定项目计划书；第二，专门的技术评测部门对其创新性进行充分评估有分析，对其进行深层考察，判定其是否为企业研发作出一定贡献；第三，确保企业的研发项目是具有创新性能的，进而降低与财务部门的理解发生冲突几率，防止一些不必要的损失发生。
单独设立一个研发支出账户，对高新技术企业的研发费用进行专账核算，对其费用进行准确归集；独自对产品销售收入进行核算。新技术服务销售收入与别的销售收入进行分开处理，这对于复审或是认定是比较便利，基于此来满足我国企业所得税管理规定。只有对会计核算的方法加强规范管理，才会确保高新技术企业的财务处于一个正常的状态，以此来有效的规避高新技术企业中出现涉税风险，由于涉税风险会给企业发展带来巨大影响，因此企业内部的会计核算的方法进行加强管理是至关重要的，它是提高高新技术企业核心竞争力的基础。
高新技术企业是充分享受我国给予的税务优惠政策，其是属于备案管理方面的税务优惠。对于高新技术企业的征收税率是按照正常的减低到15%的税率；企业在开发新产品、新工艺、新技术时所需的研发费用需要计算在所得税的纳税中，对其研发费用加计扣除属于事后备案，纳税人应该在年度纳税中申请附报或是一些其他的有关备案资料，当通过纳税机关审核以后对其进行备案登记。所以高新技术企业需要对备案管理进行高度重视，以此来保障备案的准确、完整以及运用效率。
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