增值税一般纳税人甲公司是一家通信设备制造企业，属于先进制造业企业。其2019年3月31日的期末留抵税额为0元。2020年7月，甲公司产生增值税销项税额80万元，当期取得进项税额10万元，上月期末留抵税额40万元。对甲公司来说，当期增值税应纳税额是多少？假设城市建设维护税税率为7%、教育费附加费和地方教育附加的征收率为分别为3%和2%，甲公司又该缴纳多少城市建设维护税、教育费附加和地方教育附加呢？

　　在实务中，不少适用了增值税期末留抵退税的纳税人都有这个困惑。按照现行税收法律法规的规定，缴纳增值税的纳税人，还需以其缴纳的增值税额为计税（征）依据，依一定的税率和征收率计算缴纳附加税费。由此，“其缴纳的增值税额”应如何理解，就在很大程度上决定了附加税费应如何计算。有人错误地认为，纳税人可用退还的增值税留抵税款，抵缴应缴的附加税费。

　　现行增值税一般计税方法规定，当期增值税应纳税额＝当期销项税额-当期进项税额；当期销项税额小于当期进项税额时，其不足部分可以结转下期继续抵扣。基于此，当某期的销项税额大于当期进项税额时，其差额部分就成为当期需要缴纳的应纳税额；若当期进项税额大于当期销项税额，差额部分就成为结转至下期继续抵扣的留抵税额。有留抵税额的，当期应抵扣税额则包含了留抵税额和当期进项税额。

　　实务中，纳税人产生留抵税额，可自主选择是否申请退还。

　　纳税人如果不申请退还增值税留抵税额，附加税费如何计算，答案比较清晰。这种情况下，其当期留抵税额可继续抵扣以后纳税期产生的增值税销项税额，直到某期的销项税额大于当期应抵扣税额时，才需就差额部分，确认当期增值税应纳税额，并计算缴纳附加税费。

　　上述案例中，如果甲公司7月申报期内并未申请退还上期期末留抵税额，则其计算7月应纳税额时，应抵扣税额为50万元（进项税额10万元+留抵税额40万元），应纳税额＝当期销项税额80万元-应抵扣税额50万元＝30（万元）。由此，由于该公司在8月申报期内，申报缴纳了7月的增值税30万元，当期还应申报缴纳城市建设维护税2.1万元（30×7%）、教育费附加0.9万元（30×3%）、地方教育附加0.6万元（30×2%），合计缴纳附加税费3.6万元（2.1+0.9+0.6）。　　

　　申请留抵退税后，附加税费如何计算，则是困扰许多纳税人的难点问题。

　　如果纳税人在产生增量留抵税额当期即申请退还，就意味着后期可继续抵扣的留抵税额清零或减少。在相关配套政策发布实施前，这就相当于，已申请退还的这部分留抵税额，融入了后期的应纳税额，成了附加税费的计税（征）依据。如果甲公司上月期末与2019年3月31日相比的增量留抵税额40万元，符合《财政部 税务总局关于明确部分先进制造业增值税期末留抵退税政策的公告》（财政部 税务总局公告2019年第84号）的规定，且已在7月申报期申请退还，则该公司应于8月申报期内，申报缴纳7月增值税税款=当期销项税额80万元-当期进项税额10万元=70（万元）。同时，假设没有相关配套政策，则还应申报缴纳城市建设维护税4.9万元（70×7%）、教育费附加2.1万元（70×3%）、地方教育附加1.4万元（70×2%），合计缴纳附加税费8.4万元（4.9+2.1+1.4）。

　　为保证增值税期末留抵退税政策的有效落实，财政部、国家税务总局于2018年7月发布了《关于增值税期末留抵退税有关城市维护建设税教育费附加和地方教育附加政策的通知》（财税〔2018〕80号，以下简称“80号文件”）这一配套政策，对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从附加税费的计税（征）依据中扣除退还的增值税税额。不论是适用增值税期末留抵税额退税，还是部分先进制造业增值税期末留抵退税，或疫情防控重点保障物资生产企业增量留抵退税政策的纳税人，均可以适用80号文件的政策。

　　根据80号文件的规定，甲公司可将退还的增值税留抵税额40万元，从当期附加税费的计税（征）依据中扣除。也就是说，该公司7月应缴纳城市建设维护税（70-40）×7%＝2.1（万元），教育费附加=（70-40）×3%＝0.9（万元），地方教育附加=（70-40）×2%＝0.6（万元），合计缴纳附加税费2.1+0.9+0.6=3.6（万元）。

　　由此可见，80号文件关于从附加税费的计税（征）依据中扣除退还留抵税额的规定，与相关退还增值税期末（增量）留抵税额的政策规定配套使用，纳税人既取得了增值税留抵退税，又没有增加额外负担。纳税人在拿到留抵退税款时，也别忘了相应作出调整，准确申报缴纳附加税费。

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