立项没有具体研发人员对应，辅助台账的工资分配无依据。
查工资发放凭证是否合理有据，比如代发工资是否有发票。
查个税和社保系统中的人数与材料里的花名册上的人数是否大致相符。
申报资料里未见企业为员工缴纳社保的申报情况，无社保局的参保情况。
19年所得税企业信息表上从业人数和花名册严重不符；资产总额与审计报告不一致；从业人数与职工薪酬严重不匹配。
开票内容问题，如工程款，从高新技术企业的角度讲，税务会认为工程类企业没有研发活动或者没有体现高新技术。
审计报告中披露的各年度各项目的研发费用一般都是四舍五入的，但是过大的尾差也是不合理的。
专项审计报告与年度财务报表数据不一致；财务报表年期末数与下一年期初数不一致；财务报表附注与主表数据不一致；填写的财务数据与申报报告数据不一致；还有的企业在进行年报申报的时候漏报利润表或者是现金流量表等。
研发费用中包装、作假的痕迹太明显，比如研发费用核算各RD项目发生金额非常平均、接近。
研发费核算不规范：生产型企业无研发材料，无相关领料单，或者研发人员领料单上依然是生产人员。
企业按照近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例来规划研发费用，却忽略了前提条件，即研发费用的占比是按照最近一年的销售收入来计算占比的，尤其是关注最近一年的收入跟前两年的收入不在一个区间的的情况。
无研发设备及相关折旧；企业近三年都有财务数据情况下，为了三年研发占比达标，前两年不调整，在近一年度大幅度调整研发费用，导致近一年研发费用过大。
企业注册地址与实际经营地址不一样。税务审核一般会提前电话通知企业要去实地考察，也有突击检查的，很多企业刚开始的搬迁了实际经营地址，却没有变更营业执照上的注册地址，导致税务人员现场核查的时候未见实际研发活动。
税务局联系不到企业财务人员：18年高企就有这样的情况，不可小觑。
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