高新技术企业近年来已经成为我国经济发展的重要支柱，国家在相关税收政策中对高新技术企业实行了优惠政策，从而使技术创新与税收优惠之间形成了良性循环。正确理解和运用税收优惠政策，加强涉税风险管理和控制是高新技术企业必须注重的政策方向。
1.企业所得税的税率优惠，高新技术企业所得税税率减按15%；
2.企业研发费用加计扣除优惠，研发费用计入当期损益未形成无形资产的，允许再按其当年研发费用实际发生额的75%，直接抵扣当年的应纳税所得额; 研发费用形成无形资产的，允许按照当年其摊销计入损益金额的75%，直接抵扣当年的应纳税所得额;
3．企业所得税的减免税优惠，企业符合条件的技术转让所得，不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税。
涉税风险主要有两个来源：首先，企业自身多缴税、早缴税的风险；其次，税务机关等执法部门对企业少缴税、晚缴税处罚的风险。高新技术企业的税收优惠是产生涉税风险的最主要原因。一些高新技术企业在享受国家优惠政策的同时，对相关优惠政策和明细管理办法的把握不当，从而产生了一系列的涉税风险。
会计核算不规范，未单独设立“研发支出”账户不能准确划分资本化与费用化支出的金额，按规定，如不设立专账管理费用，费用归集不准确，将无法享受研发费用加计扣除的所得税优惠，存在一定涉税风险。
高薪技术产品（服务）销售收入未单独核算。高新技术企业要求对高新技术产品的销售收入单独核算，如果与其他非高新技术产品销售收入不能分开，将影响高新资格认定及复审。
高新技术企业存在多个研发项目的情况下，如果把其他项目的费用分配给创新性项目，这样就导致了高新技术企业的创新项目研发费用增加，从而增加了加计扣除的基数，产生了涉税风险。
高新技术产品研发支出中符合资本化的部分，按规定应及时进行资本化核算，转入无形资产分期摊销。如果直接计入当期费用，将增加营业成本，少计利润，存在少缴税款的风险。
（二）在复核和复审过程中，过分追求认定指标影响会计确认，存在涉税风险
研发人员占企业当年职工总数的10%以上。忽视对其管理，造成学历证明、用工保险、工资薪金等证明材料不完善，科研人员确认不清晰，将对高新技术企业认定和复审带来不利影响；
企业持续进行研发活动，且近三个会计年度的研发费用总额占销售收入总额的比例符合一定要求，根据销售收入额度确定所占比例，销售收入越高比例越低。部分企业为了满足认定条件，而将非高新技术产品发生的成本费用尽可能挂靠研发费用，以扩大研发费用的归集范围，影响期间费用的归集；高新技术产品销售收入确认不规范。
认定年份的高新技术产品（服务）收入及其技术性收入的总和占企业当年总收入的60%以上。部分企业为了争取客户信任赢得市场，夸大营业规模，虚报高新技术产品（服务）收入。
（三）忽视高新技术企业所得税优惠备案，存在涉税风险
企业认定后忽视备案工作，则存在不能享受所得税优惠政策的风险。
企业获得高新技术企业资格证书后，每隔三年要接受复审，按复审要求提供资料。如果提供的资料不符合高新技术企业复审条件，则高新技术企业资格证书将被取消，存在补缴税款的风险。
加强预算管理，分析项目的实际开支和预算开支之间的差距，这样有助于核查高新技术企业在一个会计年度中实际发生的研发费用是否达到可以按照加计扣除的方法进行抵税。
单独设立“研发支出”账户，对研发费用专账核算，准确归集研发费用中加计扣除项目，便于认定及复审时的指标计算，符合有关所得税管理规定；准确归集研发费用中加计扣除项目。
设立专门的部门或者人员，负责研发活动、研发费用制度化的跟踪和落实，跟踪落实高新认定标准，保证企业在日常管理中按认定要求操作，满足认定条件，为研发费用加计扣除和资格复审做好准备。
高新技术企业要高度重视备案管理，确保备案的及时、准确、完整。
建立高素质的税务人才队伍进行企业纳税处理；建立税务风险管理的信息与沟通制度，适时把握政策动态，并与税务机关保持良好的沟通；提高核算的准确性, 与研发部门密切沟通，特别关注税法与会计的差异及其调整；要强化独立检查和内部审计，增强企业涉税风险的可控性。
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